الطحالب 

 تتواجد الطحالب الخضراء المزرّقة في بيئات المياه الداخلية، كما تكثر الطحالب الخضراء المزرّقة والطحالب الخضراء والبنية والحمراء في البيئات الساحلية والبحريّة. ويعد الزحف العمراني والتلوث البيئي من أبرز التهديدات التي تواجه الطحالب.

النباتات 

تنمو النباتات الوعائية في الصحراء والمزارع بالإضافة إلى البيئات الساحلية والبحريّة المغمورة. وما زالت النباتات الطبية المنتشرة في مناطق مختلفة في البحرين والتي يبلغ عدد أنواعها حوالي 81 نوعاً تستخدم على نطاق واسع في الطب الشعبي المتوارث. ومن أبرز التهديدات التي تواجه النباتات الزراعية الزحف العمراني واستنزاف المياه الجوفية وتملح التربة والتلوث البيئي.

اللافقاريات 

 تتواجد في البحرين العديد من أنواع اللافقاريات المنتمية إلى عدة مجموعات تصنيفية مختلفة كالجوفمعويات والديدان والرخويات والقشريات وشوكيّات الجلد والحشرات والعنكبوتيات. وتعتبر أنشطة الردم والتجريف والتلوث البيئي والصيد الجانبي بالإضافة إلى تغيّر المناخ من أبرز التهديدات التي تواجه اللافقاريات البحريّة في حين يمثل التوسع العمراني واستنزاف المياه الجوفية تهديداً للافقاريات الأرضية.

الأسماك 

تتواجد أنواع متعددة من الأسماك البحريّة في مختلف البيئات المدجزرية والمغمورة في حين أن التنوّع في أنواع أسماك المياه الداخلية محدود. ويعتبر الزحف العمراني والصيد الجائر والصيد الجانبي والتلوث البيئي من أبرز التهديدات التي تواجه الأسماك. وقد رصد خلال السنوات الماضية انخفاض مضطرد في حجم الإنزال السنوي للأسماك الزعنفية.

البرمائيات 

تعتبر البرمائيات من أقل المجموعات التصنيفية تنوّعا على مستوى الأنواع، حيث لم يسجل سوى نوع واحد فقط وهو الضفدع Rana ridibunda. وبعد اندثار العيون الطبيعية يقتصر تواجد هذا النوع من الضفادع في الوقت الراهن على قنوات الصرف الزراعي وفي البيئات الصناعية التي شيدت في محميّة ومتنزّه العرين لتحاكي بيئة العيون الطبيعية المندثرة.

الزواحف 

يتواجد عدد من أنواع السحالي والثعابين في المناطق الصحراوية والزراعية وكذلك في المناطق المأهولة، ويعتبر التوسع العمراني وأنشطة التخييم والتنزه من أبرز التهديدات التي تواجه الزواحف الصحراوية، كما وتتواجد السلاحف البحريّة في المياه الإقليمية البحرينية، حيث رصد ما لا يقل عن 284 سلحفاة بحريّة أثناء المسح الجوي الذي أجري في عام 2006. وتعتبر السلحفاة الخضراء Chelonia mydas أكثر أنواع السلاحف البحريّة شيوعًا في البحرين، كما تتواجد أيضاً كل من سلحفاة منقار الصقر Eretmochelys imbricata والسلحفاة كبيرة الرأس Caretta caretta. كما رصدت في عام 2007م سلحفاة زيتونية Lepidochelys olivacea نافقة لأول مرة في البحرين، وتتعرض السلاحف البحريّة إلى ضغوطات شديدة نتيجة الصيد الجانبي المترافق مع صيد الروبيان بواسطة شباك الجر القاعي، وتشير التقديرات إلى تسجيل حوالي 122 حالة نفوق للسلاحف البحريّة خلال الفترة من 2007 إلى 2008، والتي عزيت إلى عدة أسباب محتملة من أبرزها أنشطة الصيد.

الطيور 

على الرغم من صغر المساحة الجغرافية للبحرين إلا أنها تضم تنوّع ملفت في أنواع الطيور حيث يبلغ مجموع عدد أنواع الطيور الفطرية التي رصدت في البحرين حوالي 323 نوع منها حوالي 40 نوعاً مقيماً يتكاثر في البحرين. وتشير آراء معظم خبراء الطيور المحليين إلى تزايد الضغوطات الواقعة على الطيور نتيجة لتقلص الموائل الطبيعية الناتج عن الزحف العمراني المتواصل نحو الموائل الساحلية والزراعية وموائل المياه الداخلية، بالإضافة إلى التلوث البيئي والصيد غير القانوني. ومن الجدير بالذكر أنه تم رصد بعض الأنواع الغريبة الغازية والتي تعتبر من أكثر التهديدات خطورة على الحياة الفطرية في البحرين، حيث يلحق بعضها أضراراً وخيمة على الطيور المحلية. و من أمثلة هذه الأنواع الغريبة الغازية الغراب الدوري Corvus splendens والمينة Acridotheres tristis والتي من شأنها افتراس بيض وفراخ الطيور الأخرى.

الثدييات 

تعيش أنواع من الثدييات البريّة في البيئات السكنية، والزراعية، والصحراوية. ومن المحتمل أن أنواع الثدييات البريّة في المنطقة الوسطى من جزيرة البحرين تتعرض لضغوطات ناشئة عن التوسع العمراني، وأنشطة التخييم والتنزه، وإلقاء النفايات العضوية. وتضم المياه الإقليمية لمملكة البحرين اكبر قطيع بقر البحر (Dugon dugon) في العالم، المنتشر في المياه الضحلة المتاخمة للساحل الجنوبي للخليج العربي. وتشير المسوحات السابقة إلى تواجد كل من الدولفين مستدق الأنف (Tursiops truncates) ، والدولفين أحدب الظهر (Sousa chinensis) في المياه البحرينية. وتجدر الإشارة إلى أن الثدييات البحريّة تتعرض أحياناً لإصابات غير مستهدفة من قبل محركات القوارب؛ كما قد تعلق أحياناً في شباك الصيد.